茵衣藻是一種模型綠色微藻，能夠利用醋酸異養生長。盡管含有完整的β氧化基因，但不能在脂肪酸上生長。最近的報道表明，藻類優先隔離而不是分解脂酰鏈，來用作快速重建膜。我們收集了一系列過氧化物酶體生物發生所需的潛在衣藻過氧化物素（PEXs），以表明萊茵衣藻具有一套完整的過氧化物酶體生物發生因子。為了確定過氧化物酶體參與外源性脂肪酸的代謝，我們檢測了在不同營養條件下表達與過氧化物酶體蛋白N端或c端肽融合的熒光蛋白，同時加入熒光標記的棕櫚酸。在光照和黑暗，有或者沒有乙酸作為碳源的條件下，使用共聚焦顯微鏡跟蹤過氧化物酶體。在細胞中，鑒定了四個主要的隔間，包括： (1)乙醛酸循環酶標記和含有過氧化物酶體靶向信號1（PTS1）三肽但缺乏脂肪酸標記，(2)脂肪酸標記，(3)乙醛酸循環酶標記，(4)PTS1標記。不到5%的隔間同時含有脂肪酸和過氧化物酶體標記物。對光學切片圖像的統計分析發現，萊茵衣藻在細胞中同時攜帶不同的過氧化物酶體群體，并根據光照條件調節過氧化物酶體的含量。另一方面，無論培養條件如何，同時含有脂肪酸和過氧化物酶體標記物的隔室的比例都沒有顯著變化。結果表明，β-氧化在萊茵衣藻的過氧化物酶體群體中可能發生率較小，這支持了藻類中脂肪酸的主要代謝偏好是脂質生物合成而不是β-氧化的觀點。